我省河流、湖泊、水库受到不同程度污染，水环境面临水体污染和局部地区水资源短缺两个严重问题，一些地区水资源缺乏和水域污染已成为我省经济社会发展的一个制约因素。

　　1．废水排放情况 
　　全省废水排放总量6.65亿吨，比上年减少7.9%，其中，工业废水排放量3.71亿吨，比上年减少14.3%；生活污水排放量2.94亿吨，比上年增加1.7%，生活污水已占废水排放总量的44.2%。废水中化学耗氧物质排放量42.76万吨，比上年增加1.3%，氰化物、六价铬、汞、镉、铅、砷六种有毒有害污染物272.29吨，比上年减少11.4%，石油类排放量519.75吨，比上年减少34.9%。主要污染行业是制糖、化工、造纸、冶炼行业；昆明、曲靖、红河、临沧、德宏是工业废水排放的重点地区。

　　2．河流水质状况 
　　全省120个河流监测断面中，水质清洁，符合Ⅰ～Ⅲ类标准的断面占20.0%；污染较重，符合Ⅳ～Ⅴ类标准的断面占43.3%；污染严重，水质劣于Ⅴ类标准的断面占36.7%。被污染河流集中在滇中、滇东和滇南地区。与1998年相比，符合Ⅰ～Ⅲ类水质标准的监测断面减少了8.9%，符合Ⅳ～Ⅴ类标准的监测断面增加了2.7%，达不到V类标准的监测断面增加了6.2%。达到水功能要求的断面减少了15个。

　　金沙江水系
　　我省境内中、上游水质尚好，下游水质污染较重。水质符合和优于Ⅲ类标准的断面占22.6%，Ⅳ～Ⅴ类水质的断面占51.6%，劣于Ⅴ类水质的断面占25.8%，主要污染指标是总磷、氨氮、氟化物和高锰酸盐指数，主要污染河流为螳螂川、龙川江和普渡河。
　　南盘江水系
　　水质污染严重。水质符合和优于Ⅲ类标准的断面占7.1%，Ⅳ～Ⅴ类水质的断面占28.6%，劣于Ⅴ类水质的断面占64.3%，主要污染指标是石油类、挥发酚、氨氮和总磷，主要污染河流为泸江、南盘江和潇湘河。
　　红河水系
　　水质污染较重。水质符合和优于Ⅲ类标准的断面占18.5%，Ⅳ～Ⅴ类水质的断面占37.0%，劣于Ⅴ类水质的断面占44.5%，主要污染指标是铅、高锰酸盐指数和氨氮，主要污染河流为三家河和浑水河。
　　澜沧江水系
　　水质污染加重。水质符合和优于Ⅲ类标准的断面占22.7%，Ⅳ～Ⅴ类水质的断面占59.1%，劣于Ⅴ类水质的断面占18.2%，主要污染指标是总磷、铅和氨氮，主要污染河流为沘江和西洱河。
　　怒江水系
　　水质良好。水质符合Ⅱ～Ⅲ类标准的断面占66.6%，Ⅴ类水质的断面占16.7%，劣于Ⅴ类水质的断面占16.7%，主要污染指标是高锰酸盐指数、氨氮和挥发酚，主要污染河流为枯柯河。
　　伊洛瓦底江水系
　　水质污染较重。水质符合Ⅱ～Ⅲ类标准的断面占16.7%，Ⅳ～Ⅴ类水质的断面占66.6%，劣于Ⅴ类水质的断面占16.7%，主要污染指标是高锰酸盐指数、生化需氧量，主要污染河流为南畹河。

　　3．主要湖泊水质状况 
　　我省一半以上的主要湖泊水质受到污染。被污染湖泊主要是：滇池、异龙湖、杞麓湖、个旧湖。主要污染物是耗氧有机物和湖泊富营养化指标总磷、总氮。

　　在17个监测湖泊（18个水域）中，水质为Ⅰ～Ⅱ类标准的占33.3%，水质为Ⅲ类的占11.1%，水质为Ⅳ类的占16.7%，水质为Ⅴ类占5.6%，污染严重，水质劣于Ⅴ类的占33.3%。湖泊水质功能达标率为31.2%。

　　列为我省重点治理与保护的九大湖泊中，水质为Ⅰ～Ⅱ类的是泸沽湖、抚仙湖、洱海；水质为Ⅲ类的是阳宗海；水质为Ⅳ类的是程海、星云湖；水质劣于Ⅴ类的是滇池（草海、外海）、杞麓湖、异龙湖，影响这三个湖泊水质的主要污染指标：滇池是总磷，杞麓湖是非离子氨，异龙湖是高锰酸盐指数。

　　与上年比较，水质好转的湖泊占23.5%；水质恶化的湖泊占11.8%，其余64.7%的湖泊水质类别不变，水质相对稳定。水质好转的是阳宗海、大屯海等，水质恶化的是异龙湖、杞麓湖。
　　滇池　　氮、磷污染严重，富营养化问题突出。全湖水质均劣于Ⅴ类，主要污染指标是氮、磷、生化需氧量、高锰酸盐指数。草海总磷年均值超Ⅴ类标准2.06倍，外海总磷超Ⅴ类标准0.65倍。
　　与上年比较，滇池草海叶绿素a下降32.6%、生化需氧量下降31.9%、透明度增加10厘米，水质有所好转；外海叶绿素a 上升5.3%、总磷上升13.8%，水质有继续恶化的趋势，面源污染不可忽视。

　　4．主要控制措施

　　1999年，全省安排工业废水治理项目142个，新增处理能力77.4万吨／日，工业废水处理率82.5%，比上年增加8个百分点，排放达标率31.2%，比上年增加1.2个百分点。
　　以九大高原湖泊水污染综合防治为重点开展全省水环境保护工作，完成了九大高原湖泊的环境规划上报省政府，待批准后全面实施。
　　滇池治理取得阶段性成果。1999年5月1日是国务院确定的滇池治理第一阶段任务的期限，围绕实现滇池第一阶段治理目标开展了大量工作，1999年，完成滇池草海、大观河、盘龙江底泥疏挖工程和盘龙江中段截污工程，基本建成昆明东郊、西郊垃圾卫生填埋场。为保证世博会期间滇池水体景观改善，在草海与外海北岸实施了机械除藻、生化除藻、物理除藻和河道减污等多种应急措施，世博会期间控制了浮藻堆积，较明显地改善了草海及外海水体旅游景观，为世博会的成功举办奠定了环境基础。
　　滇池治理"零点行动":
　　国务院要求滇池流域内工业企业1999年5月1日前实现达标排放。根据国家对滇池治理要求，在云南省、昆明市政府领导下，省、市环保局成立了滇池治理"零点行动"指挥中心，组织实施滇池治理"零点行动"。对列入达标排放重点考核的253家企业进行了8轮检查，设立举报电话受理群众举报，督促企业抓紧治理。"零点行动"结束时，249家企业完成治理任务，其余4家由昆明市政府责令停产治理或搬迁转产。"零点行动"后，省、市环保局组织了1557家（次），4571人（次）的现场监督检查，只有7家企业发现环保设施不稳定，占2.8%，较好地巩固了达标排放成果。
　　列入省重点治理和保护的其余8个湖泊水污染防治工作取得进展。洱海、抚仙湖、杞麓湖、星云湖、阳宗海流域全面禁止销售和使用含磷洗涤用品。截止1999年底，澄江、通海污水处理厂基本完工，大理、永胜、宁蒗泸沽湖、宜良阳宗海、石屏污水处理厂先后开工建设。