“九五”期间,省委、省政府围绕建设绿色经济强省、民族文化大省和中国通向东南亚、南亚国际大通道的目标，做出了切实加强生态环境保护工作的一系列重要决策，全省环境保护工作取得长足进步。“九五”期间确定的“1369”跨世纪绿色工程计划取得显著成效。2000年底，全省100家重点工业污染源共129个限期治理项目已全面完成；城市污水日处理能力达42.5万吨；六大水系生态保护工作取得进展，流域内森林覆盖率逐步回升；滇池治理取得了阶段性成果，其余8大高原湖泊水污染综合防治工作全面启动。污染物总量控制和工业企业达标排放工作圆满完成，截止2001年1月1日零时，全省1042家重点考核企业有1038家实现了达标排放。12种污染物排放总量完成了国家下达的污染物排放总量控制计划。在生态保护方面，广泛开展了工程造林及“珠防”、“长防”、退耕还林（草）等工程建设，金沙江流域和西双版纳州全面禁伐天然林，森林覆盖率不断提高，水土流失治理面积逐年增加；省政府批准了《云南省自然保护区发展规划》，加快了全省自然保护区建设步伐。
　　2000年，全省环保直接投资15.34亿元，约占同期全省国内生产总值的0.78%，有力地推动了环保工作的开展；环保机构和队伍建设得到切实加强，环境管理力度进一步加大。从总体上看，全省环境恶化的趋势基本得到控制，部分地区生态环境质量有所改善，促进了全省经济社会的可持续发展。但是，全省面临的环境形势依然严峻,部分地区生态环境还未根本好转；局部区域和水域水环境污染仍很突出；城市环境综合整治有待加强。全省环境保护任务仍十分繁重。