全省生态环境总体保持稳定，城乡生态环境有所改善，生物物种资源保护和管理得到加强，全民生态保护的意识有所提高。在经济保持持续快速增长的同时，部分地区生态恶化的趋势得到减缓。但目前全省生态环境的总体形势仍然十分严峻，部分地区生态环境恶化的趋势仍在继续，生态问题趋于复杂化。
森林资源现状及变化趋势
全省现有有林地面积1,501.50万公顷，其中：林分1,356.58万公顷，经济林面积136.28万公顷，竹林面积8.64万公顷。森林覆盖率为39.24%（不含灌木林）。活立木蓄积量154,838.25万立方米，人均占有有林地面积5.15亩。全省森林资源呈上升趋势，有林地面积年均净增42.84万公顷，年均净增率3.1%，但林地质量下降。
草地资源的现状及变化趋势
全省天然草原面积2.29亿亩（可利用面积 1.78 亿亩），其中疏林草地5,079.49万亩，灌丛草地1,892.49万亩，草丛草地9,213.81万亩，草甸草地2,854.14万亩，零星草地3,858.04万亩，河湖水泛草地64.68万亩。目前，我省草原区生态恶化的现状和趋势还没有得到有效遏制，破坏的范围在扩大，程度在加剧，危害在加重。
物种及其分布情况
全省目前已知高等植物有426科、2,592属、17,000多种，科、属、种分别占全国的88.4%、68.7%、62.9%，国务院颁布的《国家重点保护野生植物名录（第一批）》中云南有120种（类），占总数254种（类）的47.2%；全省已知脊椎动物1,737种，占全国总数的58.2%；哺乳类296种，占49.9%；鸟类792种，占66.5%；两栖类102种，占44.1%；爬行类151种，占39.2%；淡水鱼类399种，占50.0%左右。
濒危保护物种的现状及变化
云南珍稀物种资源占了全国的67.5%，居全国第一位。列为国家保护的珍稀濒危植物151种，占全国总数的42.6%。列为国家重点保护的野生动物有199种，占全国总数的59.4%，其中亚洲象、野牛、绿孔雀、赤颈鹤等23种在我国仅云南独有。由于生产生活、开发建设等人类活动的影响，许多野生动植物的适宜生境范围越来越小。
自然保护区
新增自然保护区５个，全省各种类型的自然保护区达198个，总面积3,549,467公顷，占全省国土面积的9.0%。其中，国家级自然保护区14个，省级53个，市级72个，县级59个。全省形成了各种级别、多种类型的自然保护区网络，其中西双版纳和高黎贡山两个国家级自然保护区被联合国教科文组织列入人与生物圈保护区网络。
湿地
我省现有湿地总面积14,992平方公里，其中河流湿地1,603平方公里，湖泊湿地1,751平方公里，沼泽和沼泽化草甸湿地89平方公里，人工湿地11,549平方公里。现有10个湿地类型的国家级和省级自然保护区，其中，大山包、碧塔海、纳帕海、拉市海这4个保护区2005年2月2日被《湿地公约》秘书局列入国际重要湿地名录。
石漠化
全省石漠化面积3.48万平方公里，占全省国土面积的8.8%，占全省岩溶面积的31.4%。石漠化主要分布在滇东地区，以文山州最为严重。20世纪80年代末以来，石漠化面积以较快的速度增长。
农村环境状况
农村生态环境质量明显下降。2005年全省农药施用量2.9万吨、化肥157.0万吨（折纯量）、农用塑料薄膜使用量5.8万吨，其中地膜使用量4.8万吨，地膜覆盖面积为60.0万公顷。农作物秸杆的产生量为2,184.0 万吨。畜禽粪便中COD、总磷、总氮的大量流失、排放，严重污染周围水体，成为面源污染总负荷中重要的组成部分。
水土保持
全年完成水土流失治理2,456平方公里，占国家计划的102%，新实施生态修复面积5,000平方公里，占国家计划的100%。全省共审批开发建设项目水土保持方案1,243件，征收水土保持“两费”2,829.1万元，其中征收水土保持设施补偿费1,837.9万元。
“十五”期间，全省完成水土流失治理12,128.0平方公里，占计划的101.0%，新实施生态修复面积24,600.0平方公里，占计划的102.5%，征收水土流失防治费和水土保持设施补偿费6,338.0万元。
生态环境建设规划的制定及实施
16个生态示范区建设试点制定并开展了建设规划的实施，其中３个完成了建设任务。５个生态示范区建设试点编制了规划大纲；180个乡镇开展了小城镇环境保护规划的编制工作，部分乡镇进入实施阶段，27个乡镇完成了规划任务；完成了东川国家级生态功能区建设规划的编制工作；实施峨山县重要资源开发保护区试点规划。
重大生态保护工程项目
开展了重要生态功能保护区建设工程、自然保护区建设及管理工程、生态示范创建工程、面源污染治理示范工程、畜禽养殖污染防治及废弃物综合利用工程。
农村环境保护措施
开展了农业循环经济试点建设；在180个乡镇开展农村环境综合整治，努力解决农村环境“脏、乱、差”问题；加强农村饮用水源保护地的保护；基本掌握重点区域和流域规模化畜禽养殖污染情况，新建一些规模化畜禽养殖场废弃物污染处理与资源化利用设施；农村面源污染防治工作有序开展；继续深入开展有机食品生产基地建设工作，全省累计获有机食品认证标志的企业共9家、产品28个、认证面积31.4万亩。
《全国生态环境保护纲要》实施
完成全省生态功能区划；建立滇西北生态功能保护区，启动东川、珠江上游重要生态功能区建设前期工作；开展《金沙江流域下游水电开发生态环境保护研究》，提出生态环境保护的基本思路、原则和任务；继续开展国家级生态环境监察试点工作；成立 “云南省生物物种资源保护厅际联席会议”和“云南省生物物种资源保护专家委员会”；开展《云南省社会主义新农村小康环保行动计划》的编制工作。
生态示范区建设
生态示范区创建工作取得明显成效，批准21个生态示范区建设试点，面积747万多公顷，受益人口977万人。西双版纳州和通海县被命名为“国家级生态示范区”，玉溪市、德宏州开展了创建生态市（州）工作，通海县开展了生态县创建工作，我省开展了生态省的前期准备工作。在农村开展创建环境优美乡镇和云南省生态乡镇的活动，现已命名7个全国环境优美乡镇，20个云南省生态乡镇。
天然林保护工程
“十五”期间，国家每年下达管护面积17,969.3万亩，我省年均完成18,877万亩，占计划的105.0%，超额完成国家下达的管护任务。国家共下达我省公益林建设任务1,237.18万亩，截止至2005年底，累计完成公益林建设任务1,236.45万亩，占计划的99.9%。
退耕还林工程
“十五”期间，国家共安排我省退耕还林任务1,337.1万亩，全省共完成工程建设任务1,339.6万亩，占计划任务的100.2%。2000～2005年，6年完成投资49.4亿元，累计涉及139万户退耕农户，579.2万人。兑现补助粮食49.3亿斤，折合现金34.5亿元，兑现粮食运费4.9亿元，兑现种苗及造林补助费6.7亿元，兑现医疗教育现金补助3.3亿元。退耕农户户均从退耕还林补助中直接获得收入3,554.0元，人均获得收入852.9元。
土地/耕地保护
认真贯彻执行土地管理法律法规，积极推进土地资源利用方式从粗放型向集约型转变，走资源节约型发展道路，保持良好的生态环境，努力实现可持续发展。执行最严格的耕地保护制度，严把土地“阀门”，坚持开源节流，努力实现耕地总量的动态平衡目标。以建设促保护，切实保护基本农田，控制耕地数量的减少，加大土地开发整理力度，增加有效耕地面积，提高耕地质量，开展村庄整理，促进社会主义新农村建设。
